استيقظ العالم الاسلامي في يوم 21 لغسطس سنه 1969 علي فاجعه عظيمه وهي حريق المسجد الاقصي من قبل بعض اليهود المتطرفين وقد شب في الجناح الشرقى للمسجد الاقصى حريق ضخم أتت النيران على كامل محتويات الجناح بما في ذلك منبره التاريخي المعروف بمنبر صلاح الدين ، كما هدد الحريق قبة المسجد الأثرية المصنوعة من الفضة الخالصة.
أحدثت هذه الجريمة المدبرة من قبل مايكل دينس روهن دوياً في العالم وفجرت ثورة غاضبة خاصة في أرجاء العالم الإسلامي، في اليوم التالي للحريق أدى آلاف المسلمين صلاه الجمعه في الساحة الخارجية للمسجد الأقصى وعمت المظاهراتا القدس بعد ذلك إحتجاجاً على الحريق، و كان من تداعيات الحريق عقد أول مؤتمر قمه اسلامى فى الرباط بالمغرب.
وكان الحريق في مواضع ثلاثة وهي:
الأول: في مسجد "عمر" الواقع في الزاوية الجنوبية الشرقية للمسجد الأقصى، الذي قام الخليفة "عبد الملك بن مروان" بإعادة بنائه سنة 692م، بعد أن هدمته الزلازل.
الثاني: في منبر "صلاح الدين الأيوبي" والمحراب.
الثالث: في النافذة العلوية الواقعة في الزاوية الجنوبية الغربية من المسجد الأقصى، وترتفع عن أرضية المسجد حوالي عشرة أمتار، ويصعب الوصول إليها من الداخل بدون استعمال سلَّم عالٍ، الأمر الذي لم يكن متوفرًا لدى "دنيس روهان"، وكان حريق هذه النافذة من الخارج وليس من الداخل.
قامت سلطات الاحتلال الصهيوني بقطع المياه عن المنطقة المحيطة بالمسجد في نفس يوم الحريق، وتعمَّدت سيارات الإطفاء التابعة لبلدية القدس- التي يسيطر عليها الاحتلال- التأخير؛ حتى لا تشارك في إطفاء الحريق، بل جاءت سيارات الإطفاء العربية من الخليل ورام الله قبلها وساهمت في إطفاء الحريق.
أما أهم الأجزاء التي طالها الحريق داخل مبنى المسجد الأقصى المبارك فهي: 1- منبر "صلاح الدين الأيوبي" الذي يعتبر قطعةً نادرةً مصنوعةً من قطع خشبية، معشَّق بعضها مع بعض دون استعمال مسامير أو براغي أو أية مادة لاصقة، وهو المنبر الذي صنعه "نور الدين زنكي"، وحفظه على أمل أن يضعه في المسجد إذا حرَّره فلما مات قبل تحريره قام "صلاح الدين الأيوبي" بنقله ووضعه في مكانه الحالي بعد تحرير المسجد من دنس الصليبيين.
2- مسجد "عمر" الذي كان سقفه من الطين والجسور الخشبية.
3- محراب "زكريا" المجاور لمسجد "عمر".
4- مقام الأربعين المجاور لمحراب "زكريا".
5- ثلاثة أروقة من أصل سبعة أروقة ممتدة من الجنوب إلى الشمال مع الأعمدة والأقواس والزخرفة وجزء من السقف الذي سقط على الأرض خلال الحريق.
6- عمودان رئيسان مع القوس الحجري الكبير بينهما تحت قبة المسجد.
7- القبة الخشبية الداخلية وزخرفتها الجصية الملونة والمذهبة مع جمع الكتابات والنقوش النباتية والهندسية عليها.
8- المحراب الرخامي الملون.
9- الجدار الجنوبي وجميع التصفيح الرخامي الملون عليها.
10- ثمان وأربعون نافذة مصنوعة من الخشب والجص والزجاج الملون والفريدة بصناعتها وأسلوب الحفر المائل على الجص لمنع دخول الأشعة المباشر إلى داخل المسجد.
11- جميع السجّاد العجمي.
12- مطلع سورة الإسراء المصنوع من الفسيفساء المذهبة فوق المحراب، ويمتد بطول ثلاثة وعشرين مترًا إلى الجهة الشرقية.
13- الجسور الخشبية المزخرفة الحاملة للقناديل والممتدة بين تيجان الأعمدة.